본교 대학원은 학술의 심오한 이론과 광범위한 응용 방법을 연구하며, 지도력과 창조력을 함양하여 학문 발전에 기여하고자 1972년에 설립되었다. 현재 박사과정을 포함한 일반대학원을 비롯하여 지방자치화 시대를 대비할 지역인재 양성에 기여하고 있는 사회문화대학원, 교육발전을 선도할 전문가를 만드는 교육대학원, 산업사회 변동에 능동적인 기업경영 전문 인력을 양산 하고 있는 경영대학원, 국제적 안목을 갖춘 기독교 지도자를 육성하는 학제신학대학원, 공공영역의 제 욕구와 문제를 해결할 지도력 있는 전문인을 양성하는 행정복지대학원, 군 자원을 대상으로 국방행정 및 정책과 경영 전반에 걸친 전문가를 양성하기 위한 국방전략대학원 등을 설립해 운영하고 있다.