본교 대학원은 기독교 정신을 반영한 설립 이념을 설정하고, 학문의 심오한 이론과 실제, 광범위한 응용 방법 등을 연구하며, 지도력과 창의력을 겸비한 인재를 양성하여 학문 발전과 산업계에 기여함을 목적으로 교육법 제108조에 따라 1972년 1월에 설립하였다.

설립 이후 10여년동안 명실상부한 학문적 수월성 유지의 전통 속에서 발전해 오던 본교 대학원은 1982년 12월 숭전대학교가 서울과 대전의 두 캠퍼스로 분리 독립됨에 따라, 대전 캠퍼스 교명을 ‘한남대학교’로 변경하여 새로운 면모를 갖춘 대학원으로 발전하게 되었다.

본교 대학원은 참신하고 정통성을 강조하는 학풍의 교육과 학문 연구를 통해 이 시대가 요구하는 새로운 역사와 문화 창달에 이바지하여 왔으며, 유능한 인재로 석사 3,393명, 박사 851명, 명예박사 40명을 배출하였다.

2017년 3월 현재 석사학위과정 46개 학과와 박사학위과정 40개, 통합과정 36개 학과에서 670여명의 학생이 학업과 연구에 전념하고 있다.