본 대학원은 학교 설립정신에 따라 지역사회 기업들과 연계하여 우수한 인재 육성을 목적으로 1989년 11월 "중소기업대학원"으로 인가 받아 1990년 3월 경상대학에서 개원되어 초대원장으로 정현립(회계)박사가 취임하여 처음 신입생을 모집하여 출발하였다.

1998년 3월에 "경영대학원"으로 명칭을 변경하였고, 그해 10월 정부대전청사 석사과정을 신설하는등 2012년 12월 현재 13대 최장우 원장(경영학박사)에 이르기 까지 800여명의 우수한 석사 졸업생을 배출하였다.

또한 1996년 3월 정보산업대학원이 공과대학(초대원장 김성옥교수)에서 첫 신입생을 모집하여 2010년 2월 기준 268명의 공학석사를 배출한 정보산업대학원과 직제 변경에 따라 2007년 3월부터 두 대학원이 통합되어 "경영산업대학원"으로 새롭게 출범하였다.

2012년 3월에는 입학정원을 40명으로 조정하였다. 본 대학원 석사과정은 통합된 MBA과정과 공학석사과정으로 분리되어 있으며 학생들의 편의를 위해 본교을 포함하여 간호사관학교/자운대, 군수사령부, 핵융합연구소등 3개의 분원을 별도로 운영되고 있다.

MBA(석사)과정과 공학석사과정 외에 지역사회에 글로벌리더십과 창조경영에 요구되는 교양과 전문지식을 제공하는 AMP(최고경영자)과정이 있다.

2015년 2월 현재까지 1,000여명이 배출되어 지역사회 곳곳에서 중요한 역할을 담당하고 학교의 명예를 빛내고 있으며, 100여명의 학생들이 학업에 열중하고 있다.